Fonyód környékén az első embercsoport már az őskőkorban, mintegy 17-18 ezer évvel ezelőtt megjelent, bizonyíték erre a Várhegy déli oldalán 1934-ben talált néhány eszköz. A leletek feltárása és mentése dr. Bacsák György nevéhez fűződik; a polihisztor tudós - jogász, csillagász, geológus, asztalos, ács, halász, festő és régész - neve összefonódott Fonyóddal.
Először 1093-95-ben Szent László király összeíró levele ’Funoldi’ alakban említi a települést, a név eredetét a ’fon’ igére vezetik vissza, királyi fonónépek lakták, akik gyékényt, fűzvesszőt, hálót fontak. A Balaton magas vízállása miatt Fonyódot a régi iratokban ’sziget’ ként emlegették egészen az 1800-as évek elejéig, sőt, 16. századi térképeken az ábrázolása is erre utal. Délről a Nagyberek posványa, sásas-nádas, ingoványos területe, a többi oldalról pedig a Balaton vette körül.
A XVI. század közepén a fonyódi vár híres kapitánya Palonai Magyar Bálint volt, aki sokszor megütközött a törökkel, 25 éven keresztül sikerrel verte vissza a török támadásokat. A Fonyód elleni török támadások lefolyásáról, több eredeti levél is fennmaradt. Ezekből tudjuk, hogy Magyar Bálint két Balaton-menti vára, Fonyód és Szigliget ebben az időben szorosan együttműködött katonailag is és Fonyód nem egyszer küldött át gyalogosokat. A jelen számára csupán a hajdani várárok jelzi egykori kiterjedését.
A török állandó rajtaütésekkel próbálkozott, hogy a fonyódi várat elfoglalhassa. Magyar Bálint életében azonban ez nem sikerült neki. De a védőknek sok súlyos napot kellett kiállniuk a három évtized alatt. A török támadásoknak, portyáknak nem egyszer áldozatául estek a várőrség élelmezésére összegyűjtött gabonaasztagok és a szénakazlak is, amelyeket a törökök felgyújtottak, vagy elhurcoltak.
Ebben az időben, egy 1552-es összeírás szerint 13 család lakott Fonyódon – a vár lakosságán kívül. A törökök kezére végleg – a kapitány 1573-as halála után - 1575-ben került az erődítmény, a várat felgyújtották-lerombolták, az ott élőket mind megölték. A vár és környéke a hódoltság után is a tóti Lengyelek tulajdonába került vissza, ám az elnéptelenedett településen csak a XVIII. század közepén indult meg újból az élet: az első anyakönyvi bejegyzés 1758 áprilisában említi, hogy „Meghalt Kata asszony, a fonyódi révész felesége.”
Fonyód legrégebbi épülete a ma már több mint 200 éves Présház, ez a Fácános palánkvár mellett Fonyód másik hivatalos műemléke.
A szabadságharc idején még puszta volt Fonyód, ahol mindössze 17 ház állt, melyet 108 ember lakott: zsellérek és uradalmi halászok. A Várhegy akkor az Inkey család birtokában volt, amely jelentős szőlőterületet műveltetett. Bujdosása időszakában több alkalommal járt Fonyódon 1849-1851 tájékán Noszlopy Gáspár, Somogy vármegye – Kossuth által kinevezett - kormánybiztosa. A negyvenes években elkészült a Széchenyi István által kezdeményezett kezdetleges kikötő a mai bélatelepi strand területén, s a pusztát ezzel bekapcsolták a hajóforgalomba. A hajózás, a lecsapolás, a halászat és a szőlőművelés újabb családoknak jelentett munkalehetőséget, megélhetést a szomszéd községekben is.
Az 1869-es népszámlálás adatai szerint Fonyódon 312-en éltek (152 férfi, 170 nő; 285 r. katolikus, 18 evangélikus, 2 református, 7 izraelita). A fonyódi pusztán, az évszázadokon át érintetlen lejtőkön lassan virágzó szőlőkultúra honosodott meg.
Lengyeltóti lakossága sokáig a fonyódi borból élt, mert kereskedői annak révén jelentős haszonra tettek szert. Minden fontosabb ügyét Lengyeltótiban intéztek, lendítőerő lett később a megindult vasútépítés. Attól kezdve sok férfi dolgozott a Balaton déli partján az erdőirtásokon és a földmunkákon. A szőlészet mellett a halászat volt jellemző foglalkozás a vidéken. A víztükör holdját a földbirtokos Inkey családtól lehetett bérelni. A legjelentősebb fonyódi bérlő Rosenberger Mihály volt, kezdetben halászbokrokat szervezett, majd később a halászok is bérmunkássá váltak.
A századforduló tájékán indult meg Fonyód üdülőhellyé válása, ebben nagy érdeme volt dr. Szaplonczay Manó megyei tiszti-főorvosnak, aki barátaival gyakran kirándult a fonyódi hegyre. Ő vette rá az erdővel borított hegy - a mai Bélatelep - tulajdonosát, gróf Zichy Bélát, hogy birtokából egy területet parcellázzon fel a nyaralók számára.
1894-ben alakították meg Kaposváron a Fonyódi Nyaralók Társaságát, s ebben az évben már megkezdődtek a villaépítések. A telepet Zichy Béláról nevezték el Bélatelepnek. Szaploncay pesti ismerőseit is megnyerte a fürdőhely fejlesztése számára, így a századfordulóra előkelő villasor épült Bélatelepen, s a fürdőkultúra rohamos fejlődésnek indult. A Kaposvár-Fonyód közötti vasútvonal 1896-os megnyitása a megyeszékhelyről, és a somogyi falvakból is megkönnyítette az utazást az egyre közkedveltebbél váló Balaton partjára. Ettől kezdve gyors fejlődésnek indult a település, s egy új övezet, a Sándortelep kezdett kialakulni. E városrész dr. Berzsenyi Sándorról kapta a nevét, aki kaposvári és lengyeltóti tisztviselőket nyert meg telektulajdonosnak, s a bélatelepiekénél szerényebben, de a vízhez jóval közelebb építkeztek.
1897 nyarán nyílt meg a Vasúti Szálloda épülete, a korabeli táncmulatságok, Anna-bálok helyszíne, amely ma a Balaton Kollégiumnak ad otthont. 1898-ra elkészült a kikötő és a móló is, amit 1906 után kibővítettek, átépítettek, s 1913-ban a kikötő épületét is átadták.
Nagy gondot fordítottak a községi utak kialakítására és fenntartására, ugyanis a település széttagolt volt, egyes részei egymástól távol estek. 1905-ben bekapcsolták Fonyódot a balatoni körtelefon hálózatba, 1912-13-ban pedig megkezdődött a település villamosítása, amelyben jelentős áldozatot vállaltak Bélatelep és Sándortelep villatulajdonosai is. 1905-ben Fonyód, leszakadva a lengyeltóti közigazgatásról, önálló kisközséggé alakult. A harmincas években megélénkült a vendégforgalom, s egy-egy szezonban 4-5 ezren üdültek Fonyódon. 1927-re elkészült a bélatelepi magaspart alatt a vasút melletti műút, a mai 7-es út elődje. Ekkor szakadt el véglegesen Lengyeltótitól a település és vált 1928-ban önálló nagyközséggé. Ezt az időszakot lehet nevezni a fonyódi fürdőkultúra fénykorának.
Országos hírű politikusok, arisztokraták, művészek keresték fel Fonyódot, elsősorban Bélatelepet. Bár a második világháborúban a front elkerülte a települést, hősi halottai és polgári áldozatai egyaránt voltak. 1950 után Fonyód járási székhely lett, s az ötvenes évek közepén a számos üzlet és vendéglő mellett a házipari szövetkezet adott munkát a helybélieknek. 1957-ben kezdték meg a melegvíz utáni kutatást, melynek eredményeként szénsavas vizet találtak, s 1960-ban erre alapozva megépült a palackozó üzem. Ettől kezdve lett ismert Fonyódi néven az ásványvíz. A hetvenes évek derekától már csak olyan ipar megtelepedését tartották kívánatosnak, amely az idegenforgalmat, az üdültetést szolgálta.
1970. július elsején nagyközséggé nyilvánították Fonyódot, négy évvel később pedig megszűnt a járási székhely szerepe. 1982-ben ünnepelte Fonyód fennállásának 900 éves évfordulóját. A városi rangot 1989-ben kapta meg Fonyód. A rendszerváltást követően Balatonfenyves és Ordacsehi is kiváltak a városi közigazgatásból. Fonyódon – többek között - bölcsőde, óvoda, általános iskola, gimnázium, szakképző iskola, rendőrség, ügyészség, bíróság, kulturális központ és könyvtár, sportegyesület működik. 2013-tól Fonyód ismét járási székhely lett, 2015-től Kormányablak segíti az ügyek intézését. Fonyód város címere jól jelképezi szoros kapcsolatát a Balatonnal, sőt az egykori harcos múltra, történelmi kötődéseire is utal. A kék alapú pajzsban egy kétárbócos dereglye látható, felül nyitott rostélyú aranysisak, melynek tetején kitárt szárnyú arany sas látható.
